Năm 189, Hán Linh Đế qua đời, Hán Thiếu Đế lên thay. Đổng Trác mang quân từ Hà Đông vào triều, phế Thiếu Đế, lập Hán Hiến Đế. Đổng Trác tuy không ưa Chu Tuấn nhưng vì ông có tài và có công trận nên vẫn để ông giữ chức cũ[8].

Năm 190, các chư hầu do Viên Thiệu cầm đầu đánh tới Lạc Dương. Đổng Trác muốn mang vua Hiến Đế chạy về Trường An, bèn mang việc ra bàn. Chu Tuấn kịch liệt phản đối nên hai người nảy sinh mâu thuẫn. Tuy nhiên vì uy tín của ông rất lớn nên Đổng Trác vẫn sai sứ giả đi phong ông làm Thái bộc để giúp mình.

Khi gặp sứ giả, Chu Tuấn kiên quyết không tiếp nhận chức vụ, chỉ nói về cái dở khi thiên đô. Sứ giả trở về báo lại cho Đổng Trác. Việc phong chức cho ông gác lại. Giữa lúc đó cánh quân chư hầu của Tôn Kiên áp sát Lạc Dương. Đổng Trác điều quân ra chống cự bị thất bại nên quyết ý thiên đô, đốt cháy kinh thành và mang vua Hiến Đế và dân Lạc Dương chạy về Trường An.

Đổng Trác sai Chu Tuấn ở lại trấn thủ chặn hậu. Nhưng khi Đổng Trác vừa đi khỏi, Chu Tuấn bèn sai sứ đi liên lạc với các lực lượng chống Đổng Trác, tuyên bố chống lại Trác. Sợ bị Đổng Trác tập kích, Chu Tuấn mang quân về Kinh châu. Đổng Trác bèn bổ nhiệm Dương Ý người Hoằng Nông làm Hà Nam doãn trấn thủ Lạc Dương. Chu Tuấn bèn mang quân về tấn công Lạc Dương, Dương Ý bỏ chạy. Chu Tuấn thấy Lạc Dương bị tàn phá, bèn mang quân sang phía đông đóng ở huyện Trung Mâu, đồng thời truyền tin đến các châu quận phát động đánh Đổng Trác.

Thứ sử Từ châu là Đào Khiêm phái 3000 quân, các châu quận khác cũng phái vài trăm quân tới giúp ông. Đào Khiêm dâng biểu lên Hán Hiến Đế đề nghị phong Chu Tuấn làm Xa kỵ tướng quân. Đổng Trác được tin bèn sai bộ tướng là Lý Thôi, Quách Dĩ mang vài vạn quân ra đóng ở Hà Nội đánh Chu Tuấn. Chu Tuấn ra quân nhưng bị Lý Thôi đánh bại. Tuy nhiên Lý Thôi biết quân Chu Tuấn đông và mạnh hơn nên không dừng lại không truy kích[9].